Denominazione del CDL: Informatica
CDL: Laurea Specialistica o Magistrale - Facoltà: Scienze Matematiche, Fisiche e Naturali
Anno Accademico: 2012-2013 - Tipologia: Curriculare
Crediti frontali: 5 - Crediti di laboratorio: 1
Altre informazioni: didattica.cribi.unipd.it/genomica/bioinfoforinfo/2013/

Docente: Giorgio Valle - Professore ordinario
Settore scientifico disciplinare: BIO/11
Ente di appartenenza: Università di Padova

Abilita' informatiche e Bioinformatica
Università degli Studi di ROMA "Tor Vergata"
Denominazione del CDL: Biologia Cellulare e Molecolare
CDL: Laurea Specialistica o Magistrale - Facoltà: Scienze Matematiche, Fisiche e Naturali
Anno Accademico: 2009/2010 - Tipologia: Obbligatorio
Modulo: Bioinformatica
Crediti frontali: 3 - Crediti di laboratorio: 1
Altre informazioni: http://bioinformatica.uniroma2.it/BioinformaticaMolecolare/

Docente: Manuela Helmer-Citterich - Professore ordinario
Settore scientifico disciplinare: BIO/11
Ente di appartenenza: Universita' di Roma Tor Vergata

Algoritmi per la Bioinformatica
Università degli Studi di PISA
Denominazione del CDL: Informtica
CDL: Laurea Specialistica o Magistrale - Facoltà: Scienze Matematiche, Fisiche e Naturali
Anno Accademico: 2013-2014 - Tipologia:
Crediti frontali: 6 - Crediti di laboratorio: 0
Altre informazioni: http://didawiki.cli.di.unipi.it/doku.php/bio/start

Docente: Nadia Pisanti - Ricercatore
Settore scientifico disciplinare: INF/01
Ente di appartenenza: Dipartimeto Informatica Universita' di Pisa

Analisi avanzate dei dati per la Medicina e la Bioinformatica
Politecnico di MILANO
Denominazione del CDL: Ingegneria Biomedica
CDL: Laurea Specialistica o Magistrale - Facoltà: Ingegneria
Anno Accademico: 2009/2010 - Tipologia: Curriculare
Crediti frontali: 4 - Crediti di laboratorio: 1
Altre informazioni:

Docente: Linda Pattini - Docente incaricato
Settore scientifico disciplinare: ING-INF/06
Ente di appartenenza: Politecnico di Milano

Biochimica
Università degli Studi di TORINO
Denominazione del CDL: Medicina e Chirurgia S. Luigi Gonzaga
CDL: Laurea Specialistica o Magistrale - Facoltà: Medicina e Chirurgia
Anno Accademico: 2009/2010 - Tipologia: Obbligatorio
Modulo: Biologia Molecolare Speciale
Crediti frontali: 3 - Crediti di laboratorio: 0
Altre informazioni: Molecular Markers: methods to identify biomarkers. Experimental design for classification studies: General objectives of experimental design. Basic concepts: Randomization, Replication. Key issue in experimental design: Problem definition, parameters selection. Microarray as diagnostic/prognostic tool : data preprocessing, dimensionality data reduction: PCA, Class discovery: Cluster analysis. Class prediction: Supervised and unsupervised approaches: Features selection, results validation, classification methods: PAMR, Discriminant analysis, Support vector machines. Survival analysis. Practical exercises: Analysis of a classificai ton study: construction of training and test set, data preprocessing, transcription signature definition, data validation, correlation between transcription signature and survival analysis. Web page: http://medchirurgiasl.campusnet.unito.it/cgi-bin/moduli.pl/Show?_id=0196;sort=DEFAULT;search={corso_id}%20%3d~%20%2fbbbb%2f;hits=2

Docente: Raffaele Calogero - Professore associato
Settore scientifico disciplinare: BIO/11
Ente di appartenenza: Università di Torino

Biochimica Avanzata
Università degli Studi di SALERNO
Denominazione del CDL: Laurea Magistrale in Biologia
CDL: Laurea Specialistica o Magistrale - Facoltà: Scienze Matematiche, Fisiche e Naturali
Anno Accademico: 2012/2013 - Tipologia: Obbligatorio
Crediti frontali: 7 - Crediti di laboratorio: 0
Altre informazioni:

Docente: Anna Marabotti - Ricercatore
Settore scientifico disciplinare: BIO/10
Ente di appartenenza: Università di Salerno

Bioinformatica
Università degli Studi di BARI
Denominazione del CDL: Corso di laurea in Biolgia Cellulare e Molecolare
CDL: Laurea Triennale - Facoltà: Scienze Matematiche, Fisiche e Naturali
Anno Accademico: - Tipologia: Obbligatorio
Crediti frontali: 1 - Crediti di laboratorio: 1
Altre informazioni: Programma di Bioinformatica Corso di Laurea in Biologia Cellulare e Molecolare Prof. Marcella Attimonelli A.A. 2008/2009 Materiale didattico • Testo adottato “Introduzione alla Bioinformatica” – G.Valle, M.Helmer-Citterich, M.Attimonelli e G.Pesole – Zanichelli ed. 2003 Capitoli 1, 2, 3, 4, 7,8 . • Presentazioni Power Point fornite dal docente • Introduzione alla Bioinformatica (Introbioinf.ppt) • Le Banche Dati biologiche: Le Banche Dati di sequenze nucleotidiche; Le Banche Dati di sequenze proteiche; I sistemi di interrogazione delle Banche Dati: Entrez e SRS. (Banchedati.ppt) • Concetti linguistici introduttivi all’analisi delle Biosequenze. (Introduzione_analisi.ppt) • Allineamento:Similarità e Omologia; Grado di Similarità; Scoring Matrix : Matrici PAM e Blosum; Allineamenti locali e globali (Allineamenti.ppt) • Matrici dotplot; (Dotplot.ppt) • Multiallineamenti. (Multiallineamenti.ppt) • Ricerca di similarità in banche dati : FASTA e Blast. (DBsearching.ppt) • Predizione della struttura secondaria e terziaria delle proteine. Definizione delle strutture secondarie e terziarie di proteine. Metodi per la predizione delle strutture secondarie: Il metodo Chou-Fasman, Il metodo Garnier-Osguthorpe-Robson; Misura del grado di affidabilità delle predizioni della struttura secondaria. Metodi per la predizione delle strutture terziarie: Modelling by homology, Threading (Predizioneproteine.ppt) • Predizione della struttura secondaria di molecole di RNA: Parametri termodinamici e algoritmi per la predizione delle strutture secondarie; Ricerca di geni codificanti per tRNA. (Strutture.ppt) Esercitazioni di Bioinformatica Per le esercitazioni si segua l’appendice A del testo Zanichelli • Interrogazione delle banche dati biologiche utilizzando Entrez. • Allineamenti a coppie (applicazione dei programmi NeedleN, NeedleP, WaterN e WaterP) • Multiallineamenti (applicazione dei programmi ClustalW, Muscle o MAFFT) • Database similarity searching: applicazione dei programmi FASTA e BLAST )

Docente: Marcella Attimonelli - Professore associato
Settore scientifico disciplinare:
Ente di appartenenza: Università degli Studi di Bari

Bioinformatica
Università degli Studi di BARI
Denominazione del CDL: Scienze Biosanitarie
CDL: Laurea Triennale - Facoltà: Scienze Matematiche, Fisiche e Naturali
Anno Accademico: - Tipologia: Obbligatorio
Crediti frontali: 1 - Crediti di laboratorio: 1
Altre informazioni: Corso di Bioinformatica per la laurea triennale in Scienze Biosanitarie A.A 2008/2009 Testo consigliato Introduzione alla Bioinformatica – G.Valle, M.Helmer-Citterich, M.Attimonelli e G.Pesole – Zanichelli ed. 2003 Capitolo 1, 2, 3, 4, Appunti di lezione distribuiti mediante CD • Introduzione alla Bioinformatica (Capitolo 1) (introbioinf) • Le Banche Dati biologiche: Introduzione, I sistemi di interrogazione delle Banche Dati: Entrez e SRS; Le Banche Dati primarie di Sequenze Nucleotidiche; Le Banche Dati di sequenze proteiche; PDB(Capitolo 2, dal par. 2.1 al par. 2.7 ). • Introduzione all’analisi delle Biosequenze. • Allineamenti di sequenze di acidi nucleici e proteine.Similarità e Omologia; Grado di Similarità; Scoring Matrix : Matrici PAM e Blosum; Allineamenti locali e globali; Matrici dotplot (dot_plot); Ricerca di similarità in banche dati : FASTA e Blast (db_searching); Cenni sul multiallineamento (Capitoli 3 e 4). Esercitazioni di Bioinformatica Per le esercitazioni si segua l’appendice A del testo Zanichelli • Interrogazione delle banche dati biologiche utilizzando Entrez : ricerca dei geni per la COX4 umana. • Allineamenti a coppie fra le sequenze nucleotidiche e amminoacidiche COX4 umane individuate attraverso Entrez, utilizzando i programmi di allineamento globale e locale disponibili su SRS. • Database searching : applicazione del programma BLAST per la ricerca di geni omologhi della COX4 umana in mammiferi.

Docente: Marcella Attimonelli - Professore associato
Settore scientifico disciplinare:
Ente di appartenenza: Università degli Studi di Bari

Bioinformatica
Università degli Studi di BARI
Denominazione del CDL: Biologia Ambientale
CDL: Laurea Triennale - Facoltà: Scienze Matematiche, Fisiche e Naturali
Anno Accademico: - Tipologia: Obbligatorio
Crediti frontali: 1 - Crediti di laboratorio: 1
Altre informazioni: Corso di Bioinformatica per la laurea triennale in SBiologia Ambientale A.A 2008/2009 Testo consigliato Introduzione alla Bioinformatica – G.Valle, M.Helmer-Citterich, M.Attimonelli e G.Pesole – Zanichelli ed. 2003 Capitolo 1, 2, 3, 4, Appunti di lezione distribuiti mediante CD • Introduzione alla Bioinformatica (Capitolo 1) (introbioinf) • Le Banche Dati biologiche: Introduzione, I sistemi di interrogazione delle Banche Dati: Entrez e SRS; Le Banche Dati primarie di Sequenze Nucleotidiche; Le Banche Dati di sequenze proteiche; PDB(Capitolo 2, dal par. 2.1 al par. 2.7 ). • Introduzione all’analisi delle Biosequenze. • Allineamenti di sequenze di acidi nucleici e proteine.Similarità e Omologia; Grado di Similarità; Scoring Matrix : Matrici PAM e Blosum; Allineamenti locali e globali; Matrici dotplot (dot_plot); Ricerca di similarità in banche dati : FASTA e Blast (db_searching); Cenni sul multiallineamento (Capitoli 3 e 4). Esercitazioni di Bioinformatica Per le esercitazioni si segua l’appendice A del testo Zanichelli • Interrogazione delle banche dati biologiche utilizzando Entrez : ricerca dei geni per la COX4 umana. • Allineamenti a coppie fra le sequenze nucleotidiche e amminoacidiche COX4 umane individuate attraverso Entrez, utilizzando i programmi di allineamento globale e locale disponibili su SRS. • Database searching : applicazione del programma BLAST per la ricerca di geni omologhi della COX4 umana in mammiferi.

Docente: Marcella Attimonelli - Professore associato
Settore scientifico disciplinare:
Ente di appartenenza: Università degli Studi di Bari

Bioinformatica
Università degli Studi di BARI
Denominazione del CDL: Biologia Cellulare e Molecolare
CDL: Laurea Specialistica o Magistrale - Facoltà: Scienze Matematiche, Fisiche e Naturali
Anno Accademico: - Tipologia: Obbligatorio
Crediti frontali: 1 - Crediti di laboratorio: 1
Altre informazioni: Programma per il modulo di Bioinformatica del corso di Biologia Molecolare III Laurea specialistica in Biologia Cellulare e Molecolare Prof. M.Attimonelli AA 2008/2009 Corso teorico (1,5 CFU) • Test di ingresso • Risorse Genomiche • Banche dati di Geni e Genomi. • Caratterizzazione funzionale del genoma • Principi di Evoluzione molecolare e metodologie per l’analisi evolutiva delle Biosequenze • Analisi comparativa dei Genomi: MapViewer, UCSC Genome Browser • Analisi di variabilità del genoma umano : gli SNPs • Banche dati di MicroArrays • Banche dati per la Proteomica : InterPRO • Sistemi avanzati per la ricerca di similarità in Banche dati : Varie versioni di Blast Esercitazioni in Laboratorio (0,5CFU) • Utilizzo del sistema Integrato Entrez • Ricerca di similarità in banche dati biologiche : MegaBlast, PSIBlast •

Docente: Marcella Attimonelli - Professore associato
Settore scientifico disciplinare:
Ente di appartenenza: Università degli Studi di Bari

Bioinformatica
Università degli Studi di ROMA "Tor Vergata"
Denominazione del CDL: Bioinformatica
CDL: Laurea Specialistica o Magistrale - Facoltà: Scienze Matematiche, Fisiche e Naturali
Anno Accademico: 2009/2010 - Tipologia: Obbligatorio
Crediti frontali: 2 - Crediti di laboratorio: 3
Altre informazioni:

Docente: Gabriele Ausiello - Ricercatore
Settore scientifico disciplinare: BIO/11
Ente di appartenenza: Università di Roma "Tor Vergata"

Bioinformatica
Università degli Studi di PAVIA
Denominazione del CDL: Ingegneria Biomedica
CDL: Laurea Specialistica o Magistrale - Facoltà: Ingegneria
Anno Accademico: 2004/2005 - Tipologia: Curriculare
Crediti frontali: 5 - Crediti di laboratorio: 0
Altre informazioni: http://www-3.unipv.it/webing/didattica/schedacorso0910.php?cod=064114&spec=0 Programma sintetico: 1. Introduzione alla bioinformatica 2. Richiami di biologia molecolare 3. Perl 4. Tecniche per lo studio della struttura e della funzione genica 5. Base dati di sequenze di DNA e di proteine 6. Stumenti metodologici(Hidden Markov models e algoritmi EM) 7. Confronto di sequenze biologiche 8. I DNA microarray Esercitazioni individuali con il computer

Docente: Paolo Magni - Ricercatore
Settore scientifico disciplinare: ING-INF/06
Ente di appartenenza: Universita' degli Studi di Pavia, Dipartimento di Informatica e Sistemistica

Bioinformatica
Libera Università "Vita Salute S.Raffaele" MILANO
Denominazione del CDL: Biotecnologie Mediche e Farmaceutiche
CDL: Laurea Triennale - Facoltà: Medicina e Chirurgia
Anno Accademico: 2009/2010 - Tipologia: Obbligatorio
Crediti frontali: 4 - Crediti di laboratorio: 2
Altre informazioni:

Docente: Linda Pattini - Docente incaricato
Settore scientifico disciplinare: BIO/11
Ente di appartenenza: Politecnico di Milano

Bioinformatica
Università degli Studi di FERRARA
Denominazione del CDL: Biotecnologie
CDL: Laurea Specialistica o Magistrale - Facoltà: Altro
Anno Accademico: 2009/2010 - Tipologia: Obbligatorio
Crediti frontali: 3 - Crediti di laboratorio: 0
Altre informazioni:

Docente: Stefano Volinia - Ricercatore
Settore scientifico disciplinare:
Ente di appartenenza: Universita' di Ferrara

Bioinformatica
Università degli Studi di NAPOLI "Federico II"
Denominazione del CDL: BIOLOGIA
CDL: Laurea Specialistica o Magistrale - Facoltà: Scienze Matematiche, Fisiche e Naturali
Anno Accademico: 2008/2009 - Tipologia: Obbligatorio
Crediti frontali: 4 - Crediti di laboratorio: 0
Altre informazioni: https://www.docenti.unina.it/cercaDocente.do?cognome=chiusano

Docente: Maria Luisa Chiusano - Ricercatore
Settore scientifico disciplinare: BIO/11
Ente di appartenenza: University Federico II of Naples

Bioinformatica
Università degli Studi di PADOVA
Denominazione del CDL: Informatica
CDL: Laurea Specialistica o Magistrale - Facoltà: Scienze Matematiche, Fisiche e Naturali
Anno Accademico: 2009/2010 - Tipologia: Curriculare
Crediti frontali: 5 - Crediti di laboratorio: 1
Altre informazioni:

Docente: Silvio Tosatto - Professore associato
Settore scientifico disciplinare: BIO/10
Ente di appartenenza: Universita' di Padova

Bioinformatica
Università degli Studi "Magna Graecia" di CATANZARO
Denominazione del CDL: Ingegneria Biomedica
CDL: Laurea Specialistica o Magistrale - Facoltà: Medicina e Chirurgia
Anno Accademico: 2009/2010 - Tipologia: Obbligatorio
Crediti frontali: 5 - Crediti di laboratorio: 0
Altre informazioni: Programma: Parte I: BIOINFORMATICA ORIENTATA ALLE SEQUENZE Introduzione alla Bioinformatica Rappresentazione delle proteine Allineamento di sequenze Dati biologici e loro manipolazione Basi di dati di sequenze di macromolecole biologiche. Problemi relativi alla archiviazione e alla ricerca di sequenze di macromolecole. Le banche dati esistenti: struttura dei record e strategie di interrogazione. Concetto di database annotato. Manipolazione di Sequenze Algoritmi per sequenze biologiche (GENI, Struttura Primaria di Proteine). Algoritmi per la ricerca di somiglianze. Algoritmi per l'allineamento tra sequenze. Smith-Waterman BLAST, FASTA, CLUSTALW STRAP. Parte II: BIOINFORMATICA STRUTTURALE Basi di dati di strutture di macromolecole biologiche Strutture secondarie: il database SCOP. Strutture terziarie: il database PDB. Concetti di ricerca e di confronto tra strutture. Comparazioni e somiglianze strutturali. Predizione di strutture secondarie e terziarie di macromolecole Predizione di strutture secondarie di acidi nucleici. Cenni ai problemi del protein folding. Domini emotivi. Predizione di strutture secondarie di proteine. Confronto ed Allineamento Strutturale di Proteine Allineamento Strutturale di Proteine, CASP CAFASP Parte III: Tecnologie Microarray: generazione, preprocessing ed analisi di dati microarray (gene expression, SNP); Spettrometria di massa: generazione, preprocessing ed analisi di dati spettrometrici (MS, MS-MS, LC-MS-MS). Parte III: ESERCITAZIONI DI LABORATORIO Svolte nel corso di Laboratorio di Bioinformatica Testi Consigliati: Libro di testo: VALLE, HELMER CITTERICH, ATTIMONELLI, PESOLE, INTRODUZIONE ALLA BIOINFORMATICA, ZANICHELLI Libro di consultazione: TRAMONTANO, BIOINFORMATICA, ZANICHELLI. Articoli scientifici forniti dal docente.

Docente: Mario Cannataro - Professore associato
Settore scientifico disciplinare: ING-INF/05
Ente di appartenenza: Università di Catanzaro

Bioinformatica
Libera Università "Vita Salute S.Raffaele" MILANO
Denominazione del CDL: orso di Laurea in Biotecnologie Mediche e Farmaceutiche - CLBMF
CDL: Laurea Triennale - Facoltà: Medicina e Chirurgia
Anno Accademico: 2010-11 - Tipologia: Obbligatorio
Crediti frontali: 6 - Crediti di laboratorio: 0
Altre informazioni:

Docente: Ermanna Rovida - Ricercatore
Settore scientifico disciplinare: BIO/11
Ente di appartenenza: Istituto Tecnologie Biomediche - CNR -Milano

Bioinformatica
Università degli Studi di MILANO
Denominazione del CDL: Informatica
CDL: Laurea Specialistica o Magistrale - Facoltà: Scienze Matematiche, Fisiche e Naturali
Anno Accademico: 2011/2012 - Tipologia:
Crediti frontali: 6 - Crediti di laboratorio: 0
Altre informazioni: http://homes.dsi.unimi.it/~valenti/CorsoBioinformatica1112.html

Docente: Giorgio Valentini - Professore associato
Settore scientifico disciplinare: INF/01
Ente di appartenenza: DSI, Dip. Scienze dell' Informazione, Universita' degli Studi di Milano

Bioinformatica - Tecniche di base
Università degli Studi di MILANO-BICOCCA
Denominazione del CDL: Bioinformatica
CDL: Laurea Specialistica o Magistrale - Facoltà: Scienze Matematiche, Fisiche e Naturali
Anno Accademico: - Tipologia: Obbligatorio
Crediti frontali: 6 - Crediti di laboratorio: 4
Altre informazioni: Programma 1. Introduzione alle tecniche di progetto e analisi degli algoritmi 2. Programmazione dinamica e distanza di edit tra sequenze 3. Algoritmi di allineamento locale e globale 4. Algoritmi di pattern matching 5. Pattern discovery 6. Ricostruzione e confronto di alberi filogenetici 7. Elementi di teoria dell’informazione – Informazione mutua 8. Tecniche di clustering e classificazione

Docente: Giancarlo Mauri - Professore ordinario
Settore scientifico disciplinare:
Ente di appartenenza: Università di Milano-Bicocca

Bioinformatica 2
Università degli Studi di PADOVA
Denominazione del CDL: Biologia Molecolare
CDL: Laurea Triennale - Facoltà: Scienze Matematiche, Fisiche e Naturali
Anno Accademico: 2009/2010 - Tipologia: Obbligatorio
Crediti frontali: 4 - Crediti di laboratorio: 1
Altre informazioni:

Docente: Silvio Tosatto - Professore associato
Settore scientifico disciplinare: BIO/10
Ente di appartenenza: Universita' di Padova

Bioinformatica 2

Denominazione del CDL: Biologia Evoluzionistica
CDL: Laurea Specialistica o Magistrale - Facoltà: Scienze Matematiche, Fisiche e Naturali
Anno Accademico: 2009/2010 - Tipologia: Obbligatorio
Crediti frontali: 3 - Crediti di laboratorio: 1
Altre informazioni:

Docente: Silvio Tosatto - Professore associato
Settore scientifico disciplinare: BIO/10
Ente di appartenenza: Universita' di Padova

Bioinformatica e Analisi Funzionale del Genoma
Università degli Studi di BARI
Denominazione del CDL: Biologia Cellulare e Molecolare (indirizzo funzionale)
CDL: Laurea Specialistica o Magistrale - Facoltà: Scienze Matematiche, Fisiche e Naturali
Anno Accademico: - Tipologia: Obbligatorio
Crediti frontali: 6 - Crediti di laboratorio: 2
Altre informazioni: Programma per il corso Bioinformatica e Analisi funzionale del Genoma Laurea Magistrale in Biologia Cellulare e Molecolare (indirizzo funzionale) M.Attimonelli 6 + 2 CFU di cui 3+1 mutuati con la Bioinformatica e Genomica Comparata Analisi funzionale del Genoma (2CFU ) La Cromatina La regolazione del ciclo cellulare negli eucarioti Il Trascrittoma Il Proteoma Studio dell’espressione e della funzione dei geni (PCR quant.microarrays etc, ) Studio delle interazioni Proteine vs DNA, RNA e Proteine Cenni sul Metaboloma e la System Biology. Bioinformatica di base (3 CFU – mutuati) • Banche dati Biologiche e sistemi per la loro interrogazione • Concetti introduttivi all’analisi delle biosequenze : stringa e suo trattamento statistico; modalità di lettura della sequenza: formati e scansioni; metodologie basate sulla misura diretta e metodologie predittive: la base di conoscenza. • Allineamenti, multiallineamenti, misura di similarità fra biosequenze, ricerca di similarità in banche dati biologiche. • Metodologie per l’analisi strutturale delle proteine • Metodologie per l’analisi strutturale di molecole di RNA • Principi di Evoluzione molecolare e metodologie per l’analisi evolutiva delle Biosequenze. • Approcci bioinformatici per l’annotazione funzionale dei genomi Bioinformatica per l’analisi funzionale del genoma (1CFU) • I microarrays : caratteristiche dei chip a cDNA e tecniche per l’acquisizione, lo storage e l’analisi bioinformatica dei dati prodotti : GEO • Gene Ontology • Risorse proteomiche : InterPro, Banche dati delle interazioni fra le proteine Esercitazioni di Bioinformatica di Base (1CFU – mutuato) • Panoramica sui siti EBI e NCBI • Ricerca in banche dati biologiche utilizzando i sistemi SRS ed Entrez • Allineamenti e Multiallineamenti • Ricerca di similarità in banche dati biologiche : Blast, Esercitazioni di Bioinformatica per l’analisi funzionale del Genoma (1CFU) • Annotazione del Genoma : ASPIC • Studio del proteoma : InterPRO, KEGG, GEO

Docente: Marcella Attimonelli - Professore associato
Settore scientifico disciplinare:
Ente di appartenenza: Università degli Studi di Bari

Bioinformatica e Biologia Computazionale per la Medicina Molecolare
Politecnico di MILANO
Denominazione del CDL: Ingegneria Informatica
CDL: Laurea Specialistica o Magistrale - Facoltà: Ingegneria
Anno Accademico: 2009-2010 - Tipologia:
Crediti frontali: 4 - Crediti di laboratorio: 1
Altre informazioni: http://www8.ceda.polimi.it/schedaincarico/LetturaSchedaClasse.do?evn_initonly=evento&c_classe=480623

Docente: Marco Masseroli - Ricercatore
Settore scientifico disciplinare: ING-INF/05
Ente di appartenenza: Politecnico di Milano

Bioinformatica e Genetica Medica
Università degli Studi di ROMA "Tor Vergata"
Denominazione del CDL: Scienze Biologiche
CDL: Laurea Triennale - Facoltà: Scienze Matematiche, Fisiche e Naturali
Anno Accademico: 2012/2013 - Tipologia: Obbligatorio
Modulo: Bioinformatica
Crediti frontali: 5 - Crediti di laboratorio: 1
Altre informazioni: http://bioinformatica.uniroma2.it/bioinformatica/

Docente: Manuela Helmer-Citterich - Professore ordinario
Settore scientifico disciplinare: BIO/11
Ente di appartenenza: Universita' di Roma Tor Vergata

Bioinformatica e Genomica Comparata
Università degli Studi di BARI
Denominazione del CDL: Biologia Cellulare e Molecolare
CDL: Laurea Specialistica o Magistrale - Facoltà: Scienze Matematiche, Fisiche e Naturali
Anno Accademico: - Tipologia: Obbligatorio
Crediti frontali: 6 - Crediti di laboratorio: 2
Altre informazioni: Programma per il corso Bioinformatica e Genomica Comparata Laurea Magistrale in Biologia Cellulare e Molecolare M.Attimonelli AA 2009/2010 6 + 2 CFU, di cui 3+1 mutuati con il corso “Bioinformatica e Analisi Funzionale del genoma” Genomica Comparata Frontale (3 CFU) • Il concetto di Genoma: Il Genoma Eucariotico, Procariotico e di Organelli • Le dimensioni dei genomi • Le differenti componenti genomiche : geni, regioni ripetute, famiglie geniche, trasposoni. • Gli Organismi modello. • I concetti di base per la comparazione dei Genomi: Omologia e Sintenie. • Tecniche avanzate di sequenziamento Genomico • Approcci e problemi nell’assemblaggio dei Genomi Eucariotici • Marcatori del Genoma Eucariotico: SNPs, STS. • Il genoma degli Organelli Bioinformatica evolutiva e funzionale (2 CFU - mutuati) • Banche dati specializzate e risorse di banche dati integrate • Metodi di pattern recognition per la caratterizzazione di sequenze anonime • Approcci bioinformatici per l’annotazione funzionale dei genomi • Principi di Evoluzione molecolare e metodologie per l’analisi evolutiva delle Biosequenze. Bioinformatica per la genomica comparata (1CFU) • Banche dati di Geni e Genomi. • Analisi comparativa dei Genomi: MapViewer , UCSC Genome Browser, Ensembl Esercitazioni di Bioinformatica di Base (1CFU – mutuato)) • Panoramica sui siti EBI e NCBI • Ricerca in banche dati biologiche utilizzando i sistemi SRS ed Entrez • Applicazione di programmi per gli Allineamenti e i Multiallineamenti • Ricerca di similarità in banche dati biologiche : Blast, Esercitazioni di Bioinformatica per la Genomica Comparata (1CFU) • Risorse genomiche : UCSC • Il portale del Genoma di Mouse • Applicazioni di metodologie per il calcolo delle distanze e la costruzione di alberi filogenetici.

Docente: Marcella Attimonelli - Professore associato
Settore scientifico disciplinare:
Ente di appartenenza: Università degli Studi di Bari

Bioinformatica ed Analisi del Genoma
Università degli Studi di BARI
Denominazione del CDL: Biotecnologie Industriali ed Ambientali
CDL: Laurea Specialistica o Magistrale - Facoltà: Scienze Biotecnologiche
Anno Accademico: 2011/2012 - Tipologia: Obbligatorio
Crediti frontali: 4 - Crediti di laboratorio: 2
Altre informazioni: http://www.pesolelab.it/index.php?mod=05_Courses/08_AA2011-2012

Docente: Ernesto Picardi - Ricercatore
Settore scientifico disciplinare: BIO/11
Ente di appartenenza: Università di Bari

Bioinformatica Molecolare
Università degli Studi di ROMA "Tor Vergata"
Denominazione del CDL: Laurea Specialistica in Biologia Cellulare e Molecolare
CDL: Laurea Specialistica o Magistrale - Facoltà: Scienze Matematiche, Fisiche e Naturali
Anno Accademico: 2009/2010 - Tipologia: Obbligatorio
Crediti frontali: 2 - Crediti di laboratorio: 2
Altre informazioni: http://bioinformatica.uniroma2.it/BioinformaticaMolecolare/

Docente: Manuela Helmer-Citterich - Professore ordinario
Settore scientifico disciplinare: BIO/11
Ente di appartenenza: Universita' di Roma Tor Vergata

Biologia Computazionale

Denominazione del CDL:
CDL: - Facoltà:
Anno Accademico: - Tipologia:
Crediti frontali: 0 - Crediti di laboratorio: 0
Altre informazioni:

Docente: Rita Casadio - Professore ordinario
Settore scientifico disciplinare:
Ente di appartenenza: UNIBO

Biologia Molecolare (indirizzo conservazione della natura)
Università degli Studi di BARI
Denominazione del CDL: Scienze della Natura
CDL: Laurea Specialistica o Magistrale - Facoltà: Scienze Matematiche, Fisiche e Naturali
Anno Accademico: - Tipologia: Obbligatorio
Crediti frontali: 2 - Crediti di laboratorio: 0
Altre informazioni: Programma per il modulo di Biologia molecolare del corso di Biologia Molecolare e Genetica di Popolazione Laurea magistrale in Scienza della Natura (indirizzo conservazione della Natura) Prof. M.Attimonelli AA 2008/2009 Corso teorico (2 CFU) Il Genoma nucleare: struttura e organizzazione dei geni. Mitocondrio e genoma mitocondriale Variabilità del genoma umano. Introduzione alla Bioinformatica Banche dati biologiche : banche dati genomiche, geniche, di variabilità e di malattie mendeliane. Allineamenti e multiallineamenti Introduzione all’evoluzione molecolare. Strumenti bioinformatici per studi filogeografici

Docente: Marcella Attimonelli - Professore associato
Settore scientifico disciplinare:
Ente di appartenenza: Università degli Studi di Bari

Biologia Molecolare e Applicazioni in Bioinformatica
Università degli Studi di NAPOLI "Federico II"
Denominazione del CDL: Biologia Generale ed Applicata
CDL: Laurea Triennale - Facoltà: Scienze Matematiche, Fisiche e Naturali
Anno Accademico: 2008/2009 - Tipologia: Curriculare
Modulo: Laboratorio di Applicazioni in Bioinformatica
Crediti frontali: 0 - Crediti di laboratorio: 3
Altre informazioni: https://www.docenti.unina.it/cercaDocente.do?cognome=chiusano

Docente: Maria Luisa Chiusano - Ricercatore
Settore scientifico disciplinare: BIO/11
Ente di appartenenza: University Federico II of Naples

Biologia Molecolare e Bioinformatica
Università degli Studi di NAPOLI "Federico II"
Denominazione del CDL: BIOLOGIA
CDL: Laurea Specialistica o Magistrale - Facoltà: Scienze Matematiche, Fisiche e Naturali
Anno Accademico: 2009/2010 - Tipologia: Obbligatorio
Modulo: Applicazioni in Bioinformatica
Crediti frontali: 4 - Crediti di laboratorio: 0
Altre informazioni: https://www.docenti.unina.it/cercaDocente.do?cognome=chiusano

Docente: Maria Luisa Chiusano - Ricercatore
Settore scientifico disciplinare: BIO/11
Ente di appartenenza: University Federico II of Naples

Biologia Molecolare per l'Antropologia (indirizzo didattico)
Università degli Studi di BARI
Denominazione del CDL: Scienze della Natura
CDL: Laurea Specialistica o Magistrale - Facoltà: Scienze Matematiche, Fisiche e Naturali
Anno Accademico: - Tipologia: Obbligatorio
Crediti frontali: 3 - Crediti di laboratorio: 1
Altre informazioni: Programma per il modulo di Biologia molecolare del corso di Evoluzione Biologica Laurea magistrale in Scienza della Natura (indirizzo didattico) Prof. M.Attimonelli AA 2008/2009 Corso teorico (1,5 CFU) Parte I - Il genoma eucaristico nucleare e mitocondriale Dimensione dei Genomi e densità genica Il DNA ripetuto e gli pseudogeni. Il DNA mitocondriale umano. I Genomi Umani e i loro marcatori popolazionali. Variabilità del genoma umano. Cenni di genetica di popolazione. Malattie genetiche: marcatori di predisposizione. Grandi progetti di mappaggio degli SNPs. Parte II - Principi di Bioinformatica per l’Antropologia Molecolare Banche dati biologiche : banche dati genomiche, geniche, di variabilità e di malattie mendeliane. Allineamenti e multiallineamenti Introduzione all’evoluzione molecolare. Strumenti bioinformatici per studi filogeografici Esercitazioni in Laboratorio (0,5CFU) • Utilizzo del sistema Integrato Entrez • Ricerca di similarità in banche dati biologiche : MegaBlast, PSIBlast

Docente: Marcella Attimonelli - Professore associato
Settore scientifico disciplinare:
Ente di appartenenza: Università degli Studi di Bari

Computer Science
Università degli Studi di CAMERINO
Denominazione del CDL: Biosciences and biotechnology
CDL: Laurea Triennale - Facoltà: Altro
Anno Accademico: 2009/2010 - Tipologia: Obbligatorio
Crediti frontali: 5 - Crediti di laboratorio: 0
Altre informazioni: Algorithms on biosequences. Bioinformatics relational databases. Introduction to Bioinformatics and OMICS disciplines. Bioinformatics resources on the Internet

Docente: Nicola Cannata - Ricercatore
Settore scientifico disciplinare: INF/01
Ente di appartenenza: Università di Camerino

Corso Integrato Genetico
Università degli Studi di ROMA "Tor Vergata"
Denominazione del CDL: Biologia dell'Evoluzione Umana
CDL: Laurea Specialistica o Magistrale - Facoltà: Scienze Matematiche, Fisiche e Naturali
Anno Accademico: 2009/2010 - Tipologia: Curriculare
Modulo: Bioinformatica
Crediti frontali: 3 - Crediti di laboratorio: 1
Altre informazioni: http://bioinformatica.uniroma2.it/BioinformaticaMolecolare/

Docente: Manuela Helmer-Citterich - Professore ordinario
Settore scientifico disciplinare: BIO/11
Ente di appartenenza: Universita' di Roma Tor Vergata

Genomics and Proteomics
Università degli Studi di CAMERINO
Denominazione del CDL: Biological Sciences
CDL: Laurea Specialistica o Magistrale - Facoltà: Altro
Anno Accademico: 2009/2010 - Tipologia: Obbligatorio
Modulo: Bioinformatics Programming
Crediti frontali: 3 - Crediti di laboratorio: 0
Altre informazioni: Bioinformatics Web Services. Taverna and bioinformatics workflows. Bioinformatics programming with Perl.

Docente: Nicola Cannata - Ricercatore
Settore scientifico disciplinare: INF/01
Ente di appartenenza: Università di Camerino

Informatica
Università degli Studi di UDINE
Denominazione del CDL: Biotecnologie
CDL: Laurea Triennale - Facoltà: Scienze Matematiche, Fisiche e Naturali
Anno Accademico: - Tipologia: Obbligatorio
Modulo: Informatica Applicata
Crediti frontali: 3 - Crediti di laboratorio: 0
Altre informazioni: Algoritmi e programmazione. Risoluzione di problemi biologici di analisi di sequenze mediante il linguaggio Ruby.

Docente: Nicola Vitacolonna - Ricercatore
Settore scientifico disciplinare: INF/01
Ente di appartenenza: Università degli Studi di Udine

Informatica per le Biotecnologie
Università degli Studi di PISA
Denominazione del CDL: Biotecnologie
CDL: Laurea Triennale - Facoltà: Scienze Matematiche, Fisiche e Naturali
Anno Accademico: 2013-2014 - Tipologia:
Modulo: Informatica per le Biotecnologie
Crediti frontali: 3 - Crediti di laboratorio: 0
Altre informazioni: http://didawiki.cli.di.unipi.it/doku.php/biotecnologie/informatica/start

Docente: Nadia Pisanti - Ricercatore
Settore scientifico disciplinare: INF/01
Ente di appartenenza: Dipartimeto Informatica Universita' di Pisa

Laboratorio di Bioinformatica
Università degli Studi di NAPOLI "Federico II"
Denominazione del CDL: Corso di Laurea Magistrale in biotecnologie Molecolari ed Industriali
CDL: Laurea Specialistica o Magistrale - Facoltà: Scienze Biotecnologiche
Anno Accademico: 2009/2010 - Tipologia:
Crediti frontali: 0 - Crediti di laboratorio: 4
Altre informazioni:

Docente: Susan Costantini - Docente incaricato
Settore scientifico disciplinare:
Ente di appartenenza: CRISCEB-Seconda Università di Napoli & Centro Ricerche Oncologiche di Mercogliano

Laboratorio di biologia applicata
Università degli Studi di NAPOLI "Federico II"
Denominazione del CDL: Biologia Generale ed Applicata
CDL: Laurea Triennale - Facoltà: Scienze Matematiche, Fisiche e Naturali
Anno Accademico: 2009/2010 - Tipologia: Obbligatorio
Modulo: Genoma
Crediti frontali: 0 - Crediti di laboratorio: 4
Altre informazioni: https://www.docenti.unina.it/cercaDocente.do?cognome=chiusano

Docente: Maria Luisa Chiusano - Ricercatore
Settore scientifico disciplinare: BIO/11
Ente di appartenenza: University Federico II of Naples

Metodi bioinformatici
Università degli Studi di MILANO
Denominazione del CDL: Biotecnologie molecolari e bioinformatica
CDL: Laurea Specialistica o Magistrale - Facoltà: Scienze Matematiche, Fisiche e Naturali
Anno Accademico: 2011/2012 - Tipologia: Curriculare
Crediti frontali: 6 - Crediti di laboratorio: 0
Altre informazioni:

Docente: Giorgio Valentini - Professore associato
Settore scientifico disciplinare: INF/01
Ente di appartenenza: DSI, Dip. Scienze dell' Informazione, Universita' degli Studi di Milano

Sistemi Complessi e Bioinformatica avanzata
Università degli Studi di TORINO
Denominazione del CDL: Scienze Biologiche
CDL: Laurea Specialistica o Magistrale - Facoltà: Scienze Matematiche, Fisiche e Naturali
Anno Accademico: 2010/2011 - Tipologia: Obbligatorio
Modulo: Bioinformatica avanzata
Crediti frontali: 3 - Crediti di laboratorio: 1
Altre informazioni: Advanced Bioinformatics: Microarray platforms, Next Generation Sequencing platforms. Experimental design. Microarray: data acquisition and primary analysis. Signal normalization. Data filtering. Differential expression techniques (Linear models, permutation based statistics). Classification methodologies. Meta-analysis techniques. Next Generation Sequencing: algorithms for short reads mapping Statistical analysis of Gene expression microarray data. Terry Speed, Chapman & Hall/CRC Bioinformatics and Functional genomics 2nd ed. Jonathan Pevsner, Wiley-Blackwell

Docente: Raffaele Calogero - Professore associato
Settore scientifico disciplinare: BIO/11
Ente di appartenenza: Università di Torino